1. 想自学生物信息学,不知道怎么开始,有没有什么好的推荐
想学习生物信息学可以首先购买相应的书籍,其次可以关注慕课或者是一些其他的网站,上面有很多免费的一些课程可以自己看。
2. 如何自学生物信息学
1,从现有的生物信息学工具开始,要熟悉如何利用先用的软件、网络服务器、数据库等等,为生物研究服务,不要做重复工作,能用现成的就不自己开发。
2,熟悉命令行的操作系统,DOS,Linux,可以编写简单的shell;进而能安装命令行级的程序,跑一些常规的流程。要学习如何寻找和安装软件,这是最重要也是最基本的技能。其实很多问题,如果找到合适的软件包,都是迎刃而解的。
3,熟悉一种简单的脚本语言,个人推荐用python,具体原因可以见我的帖子。在没有现成工具时,或需要数据格式转换时,小的脚本是非常有用的。一般的应用无需自己写太多的代码,要相信我们通常遇到的问题,别的高手可能早就遇到了,所以网络上有大量的工具包。至于更多的编程语言,一门精则门门通,R,perl等都是类似的。
4,熟悉简单的算法和数据结构的知识,这样就可以理解很多程序的内在机制,进而知道它们的优点和缺点,对自己写程序也有帮助。有精力的话,进而学习统计、机器学习等。。
5,在自己的生物领域内扩展,调研,分析,开发。
3. 北京市计算中心的实用生物信息学培训研习班怎么样
还可以 讲的比较基础 之前参加过 还是很有收获的
4. 有谁参加过华大生物信息学培训吗 我对编程一点也不懂,参加这培训班能跟上吗
这个培训不需要编程的知识,当然懂一点还是有好处的。主要是软件的介绍和使用,最新的生物信息学知识等,至少在我们学校做的培训是这样的。
5. 如何自学生物信息学
先说一下自己吧,我硕士读的是细胞生物学,今年4月开始在boss要求下自学perl,打听了下,这本书不错,就买来开始看,等5月份去北京参加公司的培训班时,读了一遍,看了一部分。培训回来,我们的项目就开始做了,9月拿到所有原始数据和分析结果。然后,我对照着公司的分析报告,试着自己走一边分析流程,中间遇到问题,自己解决不了的,就发邮件求助。有几点需要注意:
1. 我能理解你想早些玩儿数据的愿望,但是在这之前,最好要有一个outline.需要知道数据从哪儿来的,怎么产生的?其实就是测序仪的工作原理。然后是数据质量检验,为什么需要数据过滤?接着是reads拼接和组装。总之,要对整个流程有一个认识,而后在学习的过程中,再不断回头对比这个流程,这样才不会有迷失的感觉。[这本书](BioInformatics for High Throughput Sequencing)推荐看一下。
2. 有了基础知识的铺垫,就可以尝试着自己做些练习了,paper上面都会给出他们的数据、原码地址,可以找来自己试试,先看看自己能不能做出一样的效果。当然,这时要是你手里正好有项目,那就更好了。
3. 学生物信息,paper肯定是要跟踪的。这两个网站可以经常看一下:
[homologous](Homologus - Frontier in Bioinformatics) 覆盖生物信息有趣的论文, 算法,以及生物科学问题。这个网站还汇集了很多生物信息领域科学家的博客。再如BGI的主程罗瑞邦, SAMtools、BWA的作者Heng Li都有在这里出现。
[rna-seq Blog](RNA-Seq Blog) 推荐新的论文、工作、培训课程、大型会议等。
如果你是生物背景的,那么计算机方面的知识需要补一下:
- 需要能在linux环境下舒服的工作。比如从源码编译安装软件、PATH配置,再比如舒服地使用google找到问题的答案 :-)
- 学会使用python/perl。比如有的时候运行一个软件老是报错,可能就是因为在一个包含几十万行的文本文件里,有随机的那么几千行的末个位置,多一个冒号,[就像这里](using HTSeq | popucui), 这时候你知道需要怎么做了?
- 学会R。要从一大堆基因里面找出表达水平变化的基因来,需要统计分析和显著检验;而要把我们的数据更直观地展示出来,最好的方式就是图形了吧。这两个需要,R都能满足。当然matlab也是可以的,区别在于R是开源工具。
- 具备了上述技能,那么常用的软件就能用起来了。随着学习的深入,可能你的问题别人也没遇到过,这时候就需要自己动手,要么修改现成的工具,要么自己做一个出来。这时候,除了python/perl,或许还可以学学C/C++/java,或许需要研究下比如BWT、De Bruijn Graph背后的原理。
6. 请教如何学习生物信息学
首先得了解生物信息学做什么。推荐一本入门的书:《探索基因组学、蛋白质组学和生物信息学》,这本书基本上把现在用到的生物信息的基本技术讲了一遍。
然后是学会如何应用现有的工具。现在有很多已经写好的工具,只要会看帮助文档,对于解决手头的工作是提供了相当大的帮助。
学习一门语言。python,perl,R,都可以,只要能够帮自己解决问题就好。
7. 生物信息学的前景
生物信息学其实目前的发展,个人觉得就是用计算机的强大运算能力来解决生物实验中出现的大量数据,并期待在其中发现更多生物的规律以及特点。
个人认为计算机已经成为了一个世界的核心工具,什么领域都快要离不开计算机了,计算机分析金融已经不是什么很新鲜的事情了,计算机解决数学物理问题更是司空见惯,学建筑的和土木的需要用计算机制图,使用CAD等软件,就算是搞商业的也需要用到Excl等等……所以计算机与生物的绑定,其实应该是一种必然出现的趋势吧,所以个人觉得,这个领域会发展的很快很快(而且目前的确是这样的)。
至于说未来,我觉得有几种趋势:首先就是应用于研究领域,毫无疑问现在很多大学和研究所都已经有了相应的计算生物领域的分支了,通过学计算机的人和数学的人编写程序分析查找海量的生物数据中的规律,然后在将猜测到的结果告知生物学家,让他们做实验验证假设,这就是我未来的工作(这不稀奇,现在各个领域的研究都很依赖计算机了,之所有血淋淋的生物最晚于计算机挂钩,那是因为生物学科本来就是人类深入最浅的一门学科)。
另外我觉得生物信息将会真正意义上引爆生物的革命,个人觉得无论什么研究领域,只有转化为应用,作用于社会与世界才真正有意义,现在开始出现的个人基因组测序已经是生物产业出现的前兆,比如Affymatrix,华大基因等等……但是大量的数据根本没有人读得懂!生物信息的第一个应用我觉得就会出现在生物数据的解释上,这就类比于,每个人都可以查询到海量的股票信息,但是只有特定的Analysis可以发现其中蕴含的商机一样!可以想象,如果一群人破解了一大堆人类的有关于生老病死的基因信息,但是他们不公开,他们需要你缴费,然后给你测序(以后测序会非常非常便宜的,我估计就会像现在每人必须有身份证一样普遍),然后帮你分析,你有什么疾病……等等。这样的产业出现与微软有什么差别!!完全没有!!微软存在的基础是计算机的普及,我设想的生物公司的基础是测序的普及,微软提供自己的软件,你必须买,生物公司提供自己公司内部的数据资料,帮你分析(类似于做一次咨询)……这是我个人的一点想法是一种比较直接的使用生物信息技术的手段。
至于其他,计算机的运用应该会深入到方方面面,因为我觉得一切其他的领域都已经被计算机插足了,农业的灌溉系统是全自动的,机床是数控的,显微镜是电子的,华尔街的数据每天有无数的计算机在分析……这一切都是计算机普及之后的30年之内实现的,所以生物信息个人觉得前景还是很强大的。之前一直在说的DNA计算机,我觉得相反比较难实现……因为我很久没有听说相关进展了,我感觉下一代计算机是量子的更可能,但这并不妨碍什么,因为我个人觉得,计算机仅仅是一个工具,一个任何领域都离不开的工具而已,以后任何人都需要掌握这一门工具,就像是现在中国几乎所有的在校大学生都能说几句英语一样普及。
补一句吧,这个领域目前还是集中在研究领域,就业相比于其他工科专业还是要差一些的,不过个人感觉相比于纯生物领域好很多,工资状况影响因素很多,大学城市都有影响,不过总体来说,目前这个领域远远不如如日中天的IT,我是计算机学院的,IT的发展速度已经早表明,计算机的时代远远的没有到结束的那一天,未来十几年甚至几十年,我个人觉得工资上IT人依然会笑傲工科领域……如果你很在意工资就业什么的,我挺推荐计算机的,IT的世界是很公平的,而且确实压力与机遇并存,如果你努力,一般都会获得成功,很适合年轻人。
以上均为个人感想而已拉 ^_^ ,很多其实应该都是错的,还望指正
8. 生物信息学专业需要学习哪些东西
生物信息学专业主要的课程有:
主干课程:生物学、数学、计算机科学。
课程设置:
普通生物学、生物化学、分子生物学、遗传学、生物信息学、计算生物学、基因组学、生物芯片原理与技术、蛋白质组学、模式识别与预测、数据库系统原理、Linux基础及应用、生物软件及数据库、Perl编程基础等。
9. 生物信息学本科阶段学习哪些课程
生物信息专业
培养目标:本专业培养德智体美全面发展,具备生物信息学的基本理论、基本知识和基本技能,并能在高校或科研机构和政府机构及相关行业的企业、事业部门等从事生物信息和生物信息软件、产品的研究与教学、生产与开发、经营与管理等方面工作的复合型科技人才,以及为相关专业输送高水平的研究生。
专业特色:生物信息学是分子生物学和计算机科学相互交叉形成的新兴前沿学科。本专业是根据21世纪最具市场活力的新兴生物信息产业市场需求而设置的新专业。培养具有计算机技术背景,通晓分子生物学知识,熟练运用生物信息处理软件的生物学——计算机两栖复合应用型高级专业技术人才。本专业所属院系与之相关的学科有省重点学科3个,博士点2个,硕士点5个;所培养的学生在分子遗传与基因工程、生物信息处理与应用、计算机应用等领域具有显著的优势和特色。
就业前景:本专业是二十一世纪最具发展前景的专业之一,学生毕业后可在高校和科研院所从事生物信息相关的研究和教育工作,各级人民政府及其下属单位从事生物信息和基因产品的行政管理工作,能在相关行业的企事业部门从事与生物信息有关的应用研究、软件开发、生产管理、技术推广等工作。
主要课程:生物学、分子生物学、生物信息学、生物信息数据库原理与应用、生物信息软件及应用、信息科学原理、计算机应用基础、计算机高级语言、信息组织学、信息系统分析与设计、人工智能与专家系统、计算机网络等。
另外要会编程,学几个语言,C++或JAVA,再学个Perl,还最好会Linux
生物专业的课,要学好细胞,遗传,分子生物学
考研的话,大多考生化、分子、细胞或离散中的两门
大学里的生物工程排行榜
建议你去看看这里的信息
http://bbs.rank98.com/read.php?tid=2671&fpage=1
http://e.qq.com/zt/2005/dxphb/paihang.htm
http://learning.sohu.com/6/0104/17/blank218541753.shtml
没有找到生物工程专业的排名,但是我了解的,北大在这个方面是最好的。
10. 什么人适合学习生物信息学
晚上好!很高兴为您解答:首先是有兴趣学习这个专业,其次有一颗坚持不懈的精神。
就业前景:在科研机构、高等学校、医疗医药、环境保护等相关部门从事教学、科研、管理、疾病分子诊断、药物设计、生物软件开发、环境微生物检测等工作。
就生物信息学学科来讲,前景十分广阔。这是研究生命本质的学科,其目的是期望从基因序列上解开一切生物的基本奥秘,从结构上获得生命的生理机制,这从哲学上来看是期望从分子层次上解释人类的所有行为和功能,只是难度很大。
总的来说,做科研前景较好,不做科研只能找比较一般的工作。