1. 入職培訓協議與勞動合同不是同時進行
是的，同時需要簽訂。
1、公司出資的培訓，培訓前可以與員工簽訂服務期合同。
2、勞動合同或培訓服務期合同中，一般約定合同履行的時間。如果沒有勞動合同那有服務期合同，服務期合同只是勞動合同的一個附件。
提醒你簽訂協議時一定要看清內容，另外要了解這個公司在培訓時是否出資交由有資質的機構來培訓。
一、培訓協議符合勞動合同法第二十二條規定，合法。
二、試用期限包含在勞動合同期限之內（勞動合同法第十九條），用人單位用工滿一個月的，勞動者可以主張從滿一個月的次日起支付二倍工資至補訂書面合同之時止（勞動合同法第八十二條、勞動合同法實施條例第六條）。
三、你和老闆約定的工資屬於口頭約定，你想主張權利可能缺乏證據支持。
四、建立勞動關系，用人單位就應當依法為勞動者繳納社會保險費（勞動法第七十二條、社會保險法第四條），在30日內為職工向社會保險經辦機構申請辦理社會保險登記（社會保險法第五十八條）。
你現在可以依據勞動合同法第三十八條（三）款規定，以用人單位未依法繳納社會保險費為由，書面通知用人單位解除勞動關系，並依據勞動合同法第四十六條（一）款、第四十七條規定主張半個月工資的經濟補償金。你因此解除勞動關系，不需要支付培訓協議約定的違約金（勞動合同法實施條例第二十六條）。
四、主張權利需要證據，首先是事實勞動關系的證據，其它證據自己斟酌辦理。
2. 關於學員培訓協議跟勞動合同
我想是不合理的，有勞動法規定，在不同的城市。收入超過一定的比例才扣稅的，公司免費培訓才有義務約束員工在公司的工作期限，自己交錢培訓不應該規定年限的。